作业提交
为节省老师和学生们的学习成本,编写了以chem为前缀的命令脚本(chemg09, chemg16, chemvasp, chemcastep等等);如果是物理学院的集群,命令脚本的前缀为phys(physg09, physg16, physvasp......)。
Gaussian作业提交¶
当前目录输入文件为test.gjf
- 使用Gaussian09计算,输入:
chemg09 test.gjf
- 使用Gaussian16计算,输入:
chemg16 test.gjf
- 指定cu01节点计算,输入:
chemg09 test.gjf cu01
- 跨节点计算,需要用到linda,目前只有g09版本有;
输入:
chemg09 test.gjf 2
,其中后面的2为2个节点计算;如果输入文件中%nprocs=8,则是2*8=16核计算。
VASP作业提交¶
- 使用VASP计算,输入:
chemvasp scf 8
,scf是作业名,8是并行核数 - 指定cu01节点计算,输入:
chemvasp scf 8 cu01
- 跨节点计算,输入:
chemadf scf 8 2
,使用2个节点,每个节点8核计算。
ORCA作业提交¶
在当前目录下您有test.inp文件待计算,务请在test.inp写上PAL几(PAL号后面一定要写上你想使用的核数)或者写上%pal nprocs 8 end这种并行计算字段,以方便脚本程序调度。
- 使用ORCA计算,输入:
chemorca test.inp
- 指定cu01节点计算,输入:
chemorca test.inp cu01
- 跨节点计算,输入:
chemorca test.inp 2
,使用2个节点计算,每个节点使用输入文件核数/2计算。
Materials Studio作业提交¶
如果使用MS图形界面提交,这样任何人只要知道了集群的IP地址,都可以提交MS作业,因而我们还是采用字符界面命令来提交MS作业。
- Dmol3作业提交,在当前目录下有test.car,test.input,test.mdf文件,周期性结构还有test.kpoints,调用命令输入:
chemdmol3 test 8
- Castep作业提交,在当前目录下您有test.cell和test.param文件,调用命令输入:
chemcastep test 8
如果Castep要多步连续计算单点、能带、态密度,需执行:chemcastep test test_BandStr test_DOS 4
- 指定节点计算,在并行核数后面加空格和节点名称。
- 如果要跨节点计算,请参看自定义脚本提交作业。
CP2K作业提交¶
当前目录输入文件为test.inp
- 使用CP2K软件计算,输入:
chemcp2k test.inp
- 指定cu01节点计算,输入:
chemcp2k test.inp cu01
- 跨节点计算,输入:
chemcp2k test.inp 8 2
,使用2个节点,每个节点8核计算。
ADF作业提交¶
ADF的license,目前已过期,计算使用发表文章需注意软件版权。 当前目录输入文件为test.e
- 使用ADF2017计算,输入:
chemadf test.e 8
,后面的8为核数 - 指定cu01节点计算,输入:
chemadf test.e 8 cu01
- 跨节点计算,输入:
chemadf test.e 8 2
,使用2个节点,每个节点8核计算。
Q-Chem作业提交¶
Q-Chem为商业量子化学程序,目前license绑定在228集群的管理节点。 当前目录输入文件为test.inp
- 使用Q-Chem计算,输入:
chemqchem test.inp 8
,后面的8为核数 - 指定cu01节点计算,输入:
chemqchem test.inp 8 cu01
- 跨节点计算,输入:
chemqchem test.inp 8 2
,使用2个节点,每个节点8核计算。
Siesta作业提交¶
- 使用siesta计算,输入:
chemsiesta test.fdf 8
,后面的8为核数 - 指定cu01节点计算,输入:
chemsiesta test.fdf 8 cu01
- 跨节点计算,输入:
chemsiesta test.fdf 8 2
,使用2个节点,每个节点8核计算。
CALYPSO作业提交¶
- 默认与VASP连用计算,输入:
chemcalypso taskname 8
,后面的8为核数 - 与Gaussian连用计算,输入:
chemcalypso-gaussian taskname 8
,后面的8为核数 - 指定cu01节点计算,输入:
chemcalypso-gaussian taskname 8 cu01
- 跨节点计算,在并行核数后面加空格和节点数目
本站总访问量 次