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介绍

部分软件版本更新频率快,管理员可能没那么多精力实时更新安装;还有个别用户总要求修改软件源码添加功能。 有些用户有些编译安装的基础功底,但总在管理节点上编译,一是影响管理节点性能,二是容易被管理员编写的查杀脚本杀掉。 基于这些问题和需求,列出一些软件需要编译安装的细节,供用户学习及管理员备忘。

应用程序一般有二进制和源代码两种方式发布。

二进制程序安装

用户无需编译,只要解压缩后设置相关环境变量等即可。以Gaussian16为例:

  • 解压缩: tar xvf g16c01_avx2.tar.gz

  • 设置环境变量:修改 ~/.bashrc ,添加:

    ##Add for g16
    export g16root="$HOME/soft/gauss/g16c01_avx2"
    source $g16root/g16/bsd/g16.profile
    ##End for g16
    
    这种一般是单个机器跑计算使用;如果是集群slurm作业系统,上面的环境变量需添加到自定义提交脚里。
    GAUSS_SCRDIR=/tmp/$SLURM_JOB_USER/$SLURM_JOBID
    mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
    export GAUSS_SCRDIR
    export g16root=$HOME/soft/gauss/g16c01_avx2
    source $g16root/g16/bsd/g16.profile
    

源代码程序的安装

用户需要自己编译,并且可以按照需要修改编译参数以编译成最适合自己的可执行程序,之后再设置环境变量等使用。以openmpi安装为例:

  • 查看安装说明
    应用程序一般都有官方的安装说明,建议在安装前,首先仔细查看一下,比如到其主页或者查看解压缩后的目录中的类似:install*、readme*等文件。

  • 解压缩文件

    tar -zxvf openmpi-4.1.6.tar.gz
    

  • 生成默认配置文件:./configure
    以intel oneapi编译openmpi为例

    source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
    F77=ifort FC=ifort CC=icc CXX=icpc ./configure --prefix=$HOME/mpi/openmpi-4.1.6
    

  • 编译:make

  • 安装:make install

  • 设置环境变量

    export PATH=$HOME/mpi/openmpi-4.1.6/bin:${PATH}
    export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/mpi/openmpi-4.1.6/lib${LD_LIBRARY_PATH:+:}${LD_LIBRARY_PATH}
    

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